Das Museum befindet sich im sogenannten Narrenturm. Der Narrenturm wurde 1784 unter Kaiser Josef II errichtet.
Das Gebäude wurde als erstes psychiatrisches Krankenhaus erbaut. 1866 wurde der Betrieb eingestellt und der Rundbau als Schwesternwohnheim, für Ärztedienstwohnungen, als Depot von Universitätskliniken und Werkstätten genutzt. Seit 1971 ist das Pathologisch-anatomische Bundesmuseum im Narrenturm untergebracht. Seit 1993 wird das gesamte Gebäude als Museum genutzt.

Anton Hanak gilt als der bedeutendste österreichische Bildhauer im ersten Drittel des 20. Jahrhunderts. Er arbeitete mit den wichtigsten Künstlern seiner Zeit zusammen (Josef Hoffmann, Gustav Klimt, Clemens Holzmeister u.a.) und war Lehrer von vielen Bildhauern (u.a. Fritz Wotruba).

Die Archäologie am Landesmuseum Joanneum setzt sich zum Ziel, Fundstücke vergangener Zeiten zu sammeln, zu bewahren, zu erforschen und der Öffentlichkeit vorzustellen. Diese Fundstücke stammen aus landesarchäologischen Grabungen, Schenkungen und Ankäufen seit der Gründung des Joanneums durch Erzherzog Johann im Jahr 1811.

1977 bis 1982 wurden die Umbau- und Renovierungsarbeiten in der Pfarrkirche St. Martin dazu benützt, um in und um den Bau archäologische Untersuchungen durchzuführen. Diese erbrachten nicht nur den Nachweis einer 5000jährigen Besiedlungsgeschichte des Kirchenhügels, sondern auch den einer ersten Holzkirche in karolingischer Zeit (ca. 800 n.Chr.). Die aufgefundenen Baureste und Relikte wurden als Schausammlung in der Unterkirche eingerichtet und 1984 eröffnet.

Dem Institut für Archäologie obliegt die wissenschaftliche Forschung und Lehre auf dem Gebiet der Archäologie mit den Schwerpunkten klassische und provinzialrömische Archäologie unter Einschluss der prähistorischen und mittelalterlichen Archäologie des Ostalpenraumes, der Archäologie der Randkulturen und der frühchristlichen Archäologie.
Das Institut beherbergt u.a. bedeutende archäologische Sammlungen antiker Vasen aus Griechenland, von Objekten aus einheimischen Fundstätten sowie von Abgüssen antiker Skulpturen.

Das ehemalige Minoritenkloster wurde um 1280 gegründet, als Stifter gelten die Polheimer, die ihr Schloss nordwestlich des Klosters errichten ließen. Etwa um 1300 erfolgte der Bau der Minoritenkirche, von der noch der Chor mit den mächtigen Strebepfeilern in seiner ursprünglichen Form erhalten ist. Im Zuge der Gegenreformation wurde das Kloster barockisiert und 1784 unter Joseph II. aufgehoben. Die Anlage diente in der Folge verschiedensten Zwecken. Bei der Revitalisierung des Gebäudekomplexes wurden zahlreiche Mauerreste und Fresken freigelegt, die die vielfältige Geschichte des Klosters zeigen und dem Besucher - vor allem auch durch die begehbaren, archäologischen Ausgrabungen - einen stilgerechten Einstieg in das Museum ermöglichen. Die Sammlungen präsentieren sich als abwechslungsreiches Erlebnismuseum, das in sehr offener und für den Besucher anschaulichen Weise die frühe Geschichte von Wels beleuchtet und dokumentiert.

Das Museum Carnuntinum ist ein Muss für jeden Carnuntumbesuch, beherbergt es doch unter anderem die Funde aus 2.000 Jahren römischer Geschichte in Carnuntum. Aktuell zu sehen ist die „Ausstellung Weltstadt am Donaulimes“ die einen großen Bogen über die Historie Carnuntums, die Geschichten seiner Bewohner bis hin zum UNESCO Weltkulturerbe vor den Toren Wiens spannt.

Das Architekturzentrum Wien im MuseumsQuartier ist das österreichische Architekturmuseum. Es zeigt, diskutiert und erforscht, wie Architektur und Stadtentwicklung das tägliche Leben aller Menschen prägen.

Der VW-Käfer - ein Name, ein Auto, ein Renner! Das VW-Käfermuseums in der Gaal/Steiermark präsentiert dieses Kultfahrzeug in sein gesamten Vielfalt - mit wunderbaren Exponaten vom Beginn bis zur Wiedergeburt einer Legende.

Die sich permanent erweiternde Sammlung des Archivs der KZ-Gedenkstätte Mauthausen umfasst nicht nur Dokumente der Lagerverwaltung, sondern auch Quellen zum Leben der Häftlinge im Lager wie Erinnerungsberichte oder eine umfassende Oral-History-Sammlung. Quellen zur Nachkriegsgeschichte des Lagers sind ebenso zu finden wie Dokumente zur politischen und sozialen Aufarbeitung der in Mauthausen und seinen Nebenlagern begangenen Verbrechen nach 1945.