Das ehemalige Minoritenkloster wurde um 1280 gegründet, als Stifter gelten die Polheimer, die ihr Schloss nordwestlich des Klosters errichten ließen. Etwa um 1300 erfolgte der Bau der Minoritenkirche, von der noch der Chor mit den mächtigen Strebepfeilern in seiner ursprünglichen Form erhalten ist. Im Zuge der Gegenreformation wurde das Kloster barockisiert und 1784 unter Joseph II. aufgehoben. Die Anlage diente in der Folge verschiedensten Zwecken. Bei der Revitalisierung des Gebäudekomplexes wurden zahlreiche Mauerreste und Fresken freigelegt, die die vielfältige Geschichte des Klosters zeigen und dem Besucher - vor allem auch durch die begehbaren, archäologischen Ausgrabungen - einen stilgerechten Einstieg in das Museum ermöglichen. Die Sammlungen präsentieren sich als abwechslungsreiches Erlebnismuseum, das in sehr offener und für den Besucher anschaulichen Weise die frühe Geschichte von Wels beleuchtet und dokumentiert.

Das Museum Carnuntinum ist ein Muss für jeden Carnuntumbesuch, beherbergt es doch unter anderem die Funde aus 2.000 Jahren römischer Geschichte in Carnuntum. Aktuell zu sehen ist die „Ausstellung Weltstadt am Donaulimes“ die einen großen Bogen über die Historie Carnuntums, die Geschichten seiner Bewohner bis hin zum UNESCO Weltkulturerbe vor den Toren Wiens spannt.