Im Zuge der Gegenreformation gründeten die Jesuiten 1577 in Ingolstadt die Akademische Marianische Kongregation der Universität, die 1583 in die Congregatio maior und die Congregatio minor geteilt wurde.

In Unterfrauenhaid – Franz Liszts Taufkirche - werden die Taufe und der Mythos um die Geburt des Wunderkindes thematisiert.

Das Augustiner-Chorherrenstift, in der 1. Hälfte des 17. Jahrhundert neu errichtet und im Hochbarock teilweise ausgebaut, ist seit 1785 Sitz des Bischofs.

Die spätbarocke Franziskanerkirche, die bereits Anklänge des Rokoko aufweist, wurde 1779 fertig gestellt, der Turm 1896 aufgesetzt. Die vier Seitenaltarbilder stammen von Martin Johann Schmidt, dem „Kremser Schmidt“.

Die von Jakob Prandtauer, Matthias Steinl und Joseph Munggenast in den 1720er und 1730er Jahren barockisierte ehemalige romanische Basilika schmücken Fresken und Gemälde von Daniel Gran, Thomas Friedrich Gedon, Bartolomeo Altomonte, Antonio Tassi und Tobias Pock.

Das Ordo-Fratrum-Minorum-Kloster (Franziskaner) geht auf das Wirken des hl. Johannes Capestrano zurück und war bald nach 1455 gegründet worden.