Am 12. Jänner 1465 bewilligte Papst Innozenz VIII. die Abtrennung des Ortes Leopoldau von der Mutterpfarre Kagran, was diese neue Pfarre zur ältesten des heutigen Bezirkes Floridsdorf macht. Vor Ort bedurfte die Umsetzung des päpstlichen Willens erst eines verheerenden Hochwassers der Donau im Jahre 1489, womit Leopoldau von Kagran auf Dauer getrennt erschien. Die ursprünglich gotische Kirche wurde bei der Zweiten Wiener Türkenbelagerung im Jahre 1683 zerstört. Die jetzige Kirche wurde 1696 unter Propst Christoph II. vom Stift Klosterneuburg errichtet. Nach mehreren Renovierungen in den folgenden Jahrhunderten erhielt sie 1952 ihre heutige Gestaltung.