St. Paul war im Mittelalter ein bedeutendes Schulkloster geworden, sogar der berühmte Paracelsus ist hier Schüler gewesen. Verheerende Katastrophen und kriegerische Auseinandersetzungen bereiteten dem Kloster im 14. und 15. Jahrhundert schlimme Zeiten. 1367 vernichtete ein Brand die Holzdecken der Basilika, 1439 and 1442 zerstörten die Soldaten des Grafen von Cilli den Markt St. Paul, 1476 standen die Türken vor den Toren der Abtei. Erst im 16. Jahrhundert erlebte das Stift unter Abt Hieronymus Marchstaller eine neue Blüte. Dieser Abt war sehr baufreudig and errichtete das Kloster in seiner heutigen Form.
Heute leben im Kloster Benediktinermönche. Das Kulturerbe wird bewahrt und öffentlich zugänglich gemacht - so gibt es zum Beispiel ein Stiftsmuseum.