Die Ausgestaltung der heutigen Herz Jesu Kirche ist fast durchwegs nach dem 2. Weltkrieg geschehen (beim Wiederaufbau nach dem Bombentreffer und danach).

Hochaltar:

Das bedeutendste Kunstdenkmal in Tirol
Mit dem beeindruckenden Grabmal Kaiser Maximilians – flankiert von den sogenannten Schwarzen Mandern – ist die Hofkirche eines der bedeutendsten Denkmäler in Tirol.

Der Mittelpunkt der gesamten Klosteranlage und auch des klösterlichen Lebens ist die Stiftskirche. Seit September 1984 ist sie eine „basilica minor“.

Seit der Gründung der Universität im Jahre 1669/70 war das Gotteshaus ein Mittelpunkt des katholischen Studentenlebens. Ebenso eng wie mit Volk und Land ist die Kirche mit dem Jesuitenorden verbunden, in dessen Hände seit dieser Zeit — mehrfach durch politische Ereignisse unterbrochen — auch der theologische Unterricht an der Universität gelegt war.

Das Gotteshaus ist den Heiligen Nikolaus von Myra und Abt Gallus geweiht.

Ursprung und erste Bauphasen
Der Markt Neusiedl am See besaß vermutlich schon vor seiner ersten urkundlichen Erwähnung 1209 eine romanische Kirche. Nach der Zerstörung im Mongolensturm 1241 wurde das Gotteshaus wieder errichtet und nachweislich in den Jahren 1460-64 im gotischen Stil umgebaut.

Die Basilika wurde nach Plänen von Hilde von Baravalle und Max Wochinz in den Jahren 1951/52 als Hl. Herz Jesu Friedens- und Versöhnungskirche erbaut und steht in der neuromanischen Tradition des frühen 20. Jahrhunderts. Seit 1964 ist sie Pfarre. Der mächtige Turm seitliche des Eingangs ist weithin sichtbar.

Diese Kirche wurde von 1901 bis 1903 nach Plänen von Ludwig Schöne in der Nachfolge Friedrich von Schmidts als neugotischer Sichtziegelbau errichtet. Die Kirche ist eine Querhausanlage. Das Querhaus besitzt apsidenartige Abschlüsse, der Chor endet in einem flachen Schluss mit niedriger Sakristei. Der vorgelagerte, viergeschossige Fassadenturm wird von einem Spitzhelm bekrönt.