Erzbischof Johann Ernst Thun erwarb Ende des 17. Jahrhunderts den kleinen Adelssitz Kleshof vor den Toren der Stadt Salzburg. Zwischen 1700 und 1709 war Fischer von Erlach mit der Errichtung des eleganten Lustschlosses beauftragt, das ganz vom oberitalienischen Manierismus beeinflusst ist. Nach dem Tod des Erzbischofs im Jahr 1709 blieb das Schloss mit dem ursprünglichen Namen "Favorita" lange Zeit unvollständig. Erst Erzbischof Leopold Anton von Firmian, der Erbauer des Schlosses Leopoldskron, ließ das Schloss Klessheim mit vielen Abstrichen gegenüber dem ursprünglichen Plan 1732 vollenden.
Seit 1993 ist das Casino Salzburg in den prachtvollen Räumlichkeiten des Schloss Klessheim untergebracht.