Über viele Jahre war Joseph Haydn Organist in der Franziskanerkirche. Die original erhaltene Haydn-Orgel stammt aus der Mitte des 18. Jahrhunderts. Die Kirche wurde 1625 nach ihrer Zerstörung während der ersten Wiener Türkenbelagerung 1629 von Fürst Nikolaus Esterházy im barocken Stil wiedererrichtet. Bemerkenswert im Inneren sind die frühbarocken Stuckaltäre oberitalienischer Meister und die Rokokokanzel.