Seit der Gründung des Rupertinum hat sich die Sammlung des MdM SALZBURG auf das vielfältige Werk von Günter Brus konzentriert. In etlichen Ausstellungen im Haus wurden Teilaspekte des umfassenden künstlerischen Schaffens von Brus vorgestellt. Beginnend mit den seltenen frühen Porträtstudien der 1960er Jahre wird das damals skandalträchtige fotografische Werk von Günter Brus, das seine aktionistischen Auftritte und Performances begleitet, präsentiert. Nach der letzten Aktion von Günter Brus, der „Zerreißprobe“ in München im Jahr 1970, setzt das zeichnerische und dichterische Werk von Brus an dem Punkt an, an dem er seine zerstörerischen Körpervisionen und seine halluzinatorischen Fantasmagorien über die eigene Physis hinaus weiterentwickelt. Die „Häute“, wie Brus seine großformatigen Zeichnungen aus den 1970er und 1980er Jahren nennt, nähern sich mit diesem Impetus einem barocken und überaus pretiös kolorierten Bildgefüge an. Das MdM SALZBURG zeigt komplexe Bild-Text-Kombinationen ebenso wie zahlreiche Einzelblätter sowie ganze radierte oder lithografierte Zyklen. Zeugnis für die jahrelange Zusammenarbeit mit dem Künstler sind die von Brus für das Rupertinum gefertigten Entwürfe der Einladungskarten und Plakate seiner Ausstellungen.