Zusätzlich legt das Museum den Fokus auf KünstlerInnen, die eine besondere Beziehung zu Linz und zum LENTOS haben, wie VALIE EXPORT und Herbert Bayer. Kunstgeschichte ist nichts Statisches, im Gegenteil, der Kanon wird immer wieder neu geschrieben und so kommt es laufend zu Neubewertungen und Wiederentdeckungen. So wird das Museum zum Instrument für das Erleben und Verstehen der Kunstgeschichte und führt hin zu den Wechselausstellungen, die sich vorwiegend der aktuellen Kunst widmen. Die Neuaufstellung der Sammlung wurde 2018 schrittweise von Museumsdirektorin Hemma Schmutz gemeinsam mit ihrem Team vorgenommen.
Schwerpunkte der einzelnen Sammlungsräume liegen auf Portrait und Landschaftsmalerei des 19. Jahrhunderts, Secessionismus, Expressionismus, Neuer Sachlichkeit, Informel, Aktionismus sowie zeitgenössischen Positionen.
Präsentiert werden Werke von Herbert Bayer, VALIE EXPORT, Gustav Klimt, Oskar Kokoschka, Maria Lassnig, Gabriele Münter, Egon Schiele, Andy Warhol, Heimo Zobernig und vielen anderen.