Zu den bedeutendsten künstlerischen Leistungen dieser Zeit in der Sammlung des Landes Niederösterreich zählen die Altartafeln des "Meisters des Florian-Winkler-Epitaphs" und die vielfach beachtete Schnitzmadonna aus der Nachfolge des Niclas Gerhaert van Leyden in Wien und die im Jahre 1500 entstandene "Flachauer Madonna".
Im Barock liegt der Schwerpunkt der Themen neben der Interpretation religiöser Themen auf profanen Inhalten. Barockwerke von J. M. Rottmayer, Paul Troger und Kremser Schmidt stellen die Höhepunkte der Sammlung aus dieser Kunstepoche dar.