Als dann auch noch die strenge neapolitanische Zensur das Stück verbot, bearbeitete Donizetti die Oper in nur wenigen Wochen: Die Musik behielt er bei, doch der Stoff war gänzlich neu. Statt der tragischen Lebensgeschichte der schottischen Königin Maria Stuart standen nun die Parteikämpfe der italienischen Renaissance im Mittelpunkt und die Oper wurde unter dem neuen Namen Buondelmonte zur Premiere gebracht.
Die eigentliche Uraufführung von Maria Stuarda fand deshalb erst 1835 an der Mailänder Scala statt. Obwohl für die Titelrolle die legendäre Sopranistin María Malibran gewonnen werden konnte, setzte sich die Oper zunächst nicht durch. Erst im 20. Jahrhundert wurde Donizettis Königinnen-Drama als eine der schönsten Belcanto-Opern wiederentdeckt. Donizetti und sein Librettist Bardari gingen sehr frei mit ihrer Vorlage um und reduzierten das Personal von Schillers Trauerspiel von 21 auf sechs Personen. So konzentrierten sie sich beinahe ausschließlich auf die politische und private Auseinandersetzung zwischen Elisabeth I. und Maria Stuart, deren Duett im 2. Akt zum Kernstück der Oper wurde.