Zuordnungen zu bestimmten Richtungen und Schulen hat er sich immer widersetzt. Obwohl seine Werke einen hohen Abstraktionsgrad aufweisen, hat er es stets abgelehnt, als abstrakter Maler klassifiziert zu werden: „Ich gehe immer von der Realität aus.“ Diese Realität war in erster Linie die karge Landschaft Kataloniens. Pijuan verwandelte sie in markante Flächen, die er durch mit Bedacht gesetzte Linien und Punkte strukturierte. Dabei erschuf er eine ganz eigene, berührende Bilderwelt, die ihre Ausdruckskraft aus der strengen Vereinfachung schöpft und aus seiner spezifischen Farbpalette, die sich an den Farben der Natur orientierte.
Der Künstler war auch Lehrer: 1989 erhielt er den Lehrstuhl für Malerei an der Fakultät der Schönen Künste der Universität Barcelona, den er bis zu seinem Tod innehatte. In Zusammenarbeit mit dem Nachlass von Joan Hernández Pijuan zeigt die ALTANA Kulturstiftung ca. 80 Gemälde und Zeichnungen.